自1951年培养中专学历临床医学专门人才至今，临床医学院以满足社会卫生人才需求为己任，先后开设了多个“扶需”特色专业，截止2015年，毕业生达835名。2016年将招收首批临床医学专业本科生，致力于培养具有临床诊治能力、终身学习能力和人文关怀精神的，能在各级医疗卫生机构独立从事医疗工作，同时能承担预防、保健、医疗、康复、健康教育及计划生育技术指导等工作的高素质应用型临床医学人才。
学院现有乡村医生和院前急救两个专科临床医学专业方向。其中乡村医生是为解决上海市郊区乡村医生数量不足、学历偏低、年龄老化的问题，实行“免费定向学生”招生政策，实现“入学委托培养协议100%”和“毕业就业签约100%”的双百模式。院前急救实行订单式培养，培养理念和实施方法与国际院前急救课程接轨。学院现有校内临床实训中心1200平方米，设备价值达1500万，可同时容纳150名学生进行临床技能实训。“十三五”期间，学校将全面加强硬件建设，为培养学生临床思维和实践能力提供强有力的硬件支撑。
经过多年的教学实践，学院形成了相对稳定的临床医学教学团队，现有兼职教师211人，均具备博士学位或副高以上职称。附属医院与教学基地具有成熟的配套临床教学规章制度以及教学管理团队，各教学及实训场地面积为700-1500平方米，共有床位近5000多张，教学设备总值超过300万。
学院的乡村医生人才培养与嘉定区中心医院合作，2010年开始助理全科医生规范化培训试点，2013年荣获上海市教委教学成果一等奖。