药学院致力于培养应用技术型医药人才，就业主要面向各级各类医院药剂科、药物研发机构、药品生产企业和经营企业等企事业单位。学院依托具有GMP生产资质的校办药厂，逐步形成“厂校一体、产教融合”的人才培养特色，成为上海市生物医药人才培养的重要基地。
学院现开设药学、中药学、食品药品监督管理（药品监管方向）、生物制药技术等四个专业，在校生达1700余人，就业率为98%左右。其中，药学专业为国家首批示范性高等职业院校重点建设专业和上海市高校内涵建设工程（“085”工程）的重点建设专业。2016年，学院将开设本科药学专业。学院拥有中央财政支持的“药品生产检验仿真实训中心”和地方财政支持的“上海市药学公共实训中心”，实验实训面积为4000平方米，设备总值1700余万元。
学院现有教职工43人，其中上海市高职高专教学名师3人，高级职称专任教师占30%，具有博士研究生学历学位的专任教师占41%，荣获2013年上海市高职高专优秀教学团队称号。“十二五”期间，学院在天然药物活性成分、神经药理、生物医用材料、生物药物的DDS系统、肿瘤治疗与预防药物等领域开展科学研究，先后获得包括国家自然科学基金在内的二十余项国家级及省部级科研及教学研究项目，发表论文80余篇，其中SCI收录论文二十余篇。学院教师主编/参编全国规划教材十余本；建成国家级精品课程1门，市级精品课程7门；多次指导学生在全国职业院校技能大赛中药传统技能赛项及全国医药行业特有职业技能竞赛中荣获一、二等奖，体现了高超的专业技能水平。
近年，学院与中国医药工业研究总院签订了合作协议，在人才交流培养、生物医药技术开发与转让等方面开展深度合作；与50多家沪上知名的大型医疗机构、药物研发机构和生产经营企业建立了稳定的校企合作关系，为实践教学和创新创业教育奠定了良好基础。学院积极探索中外合作办学，2004年以来，药学专业与法国蒙彼利埃大学药学院合作，培养医药代表专业的本科人才；生物制药技术专业与日本大阪大学、蒙古科技大学在科研、教学等方面开展广泛而深入的合作，与蒙古科技大学建立了“3+1本科培养模式”，与日本大阪大学建立本科-硕士研究生的高等职业教育人才培养“立交桥”。